Kamu mali yönetiminin yapısını ve işleyişi ile mali kontrolü düzenleyen 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile yeni kamu mali yönetimi, yönetim sorumluluğu esasına göre düzenlenmiştir.

Kanunun 63. Maddesinde belirtildiği üzere; İç denetim; kamu idaresinin çalışmalarına değer katmak ve geliştirmek için kaynakların ekonomiklik, etkililik ve verimlilik esaslarına göre yönetilip yönetilmediğini değerlendirmek ve rehberlik yapmak amacıyla yapılan bağımsız, nesnel güvence sağlama ve danışmanlık faaliyetidir. Bu faaliyetler, idarelerin yönetim ve kontrol yapıları ile malî işlemlerinin risk yönetimi, yönetim ve kontrol süreçlerinin etkinliğini değerlendirmek ve geliştirmek yönünde sistematik, sürekli ve disiplinli bir yaklaşımla ve genel kabul görmüş standartlara uygun olarak gerçekleştirilecektir. İç denetim, iç denetçiler tarafından yapılır. Kamu idarelerinin yapısı ve personel sayısı dikkate alınmak
suretiyle, İç Denetim Koordinasyon Kurulunun uygun görüşü üzerine, doğrudan üst yöneticiye bağlı iç denetim birimi başkanlıkları kurulabilir.

Bu hükümler uyarınca; Uludağ Üniversitesi Senatosunun 2008 yılında “İç Denetim Birim Yönergesini” onaylamasıyla İç Denetim Birimi teşkilatlanmıştır. 05.02.2015 tarih ve 2015/3 sayılı Senato kararı ile yönerge tümüyle değiştirilerek İç Denetim Birimi Başkanlığı şeklinde teşkilatlanma gerçekleştirilmiştir.